La menopausa rappresenta una fase di transizione fondamentale nella salute femminile, caratterizzata da una diminuzione dei livelli di estrogeni e da un aumento del rischio di disturbi cardiometabolici, muscoloscheletrici e urogenitali. Oltre alla sua base endocrina, le evidenze emergenti evidenziano il microbiota intestinale come un importante modulatore dell’equilibrio ormonale sistemico. Questa revisione sintetizza le attuali conoscenze sulla relazione bidirezionale tra estrogeni e microbiota intestinale e le sue implicazioni per la salute femminile durante la menopausa. Gli studi attuali mostrano risultati differenti tra le popolazioni, riflettendo la complessità della regolazione degli estrogeni anche attraverso il microbiota intestinale (estroboloma). Sebbene non sia stata identificata una composizione ideale del microbiota intestinale per le donne nelle varie fasi della perimenopausa — probabilmente a causa delle differenze geografiche e individuali — una maggiore diversità microbica è associata a una migliore regolazione degli estrogeni. Al contrario, una ridotta diversità e alterazioni del rapporto Firmicutes/Bacteroidetes sono state associate a biomarcatori infiammatori durante la perimenopausa, fattori chiave nello sviluppo di molti sintomi. Sebbene la terapia ormonale sostitutiva rimanga il principale intervento clinico durante la perimenopausa, emergono evidenze sul potenziale ruolo complementare di dieta, simbiotici, fitoestrogeni e probiotici specifici nel modulare l’asse estrogeni–microbiota intestinale, con possibili benefici sul miglioramento della salute e sulla gestione dei sintomi. Studi longitudinali futuri che integrino dieta, profilo del microbiota e andamento dei sintomi sono necessari per chiarire questi meccanismi tra diverse etnie e aree geografiche. In definitiva, comprendere le interazioni locali tra dieta e microbiota permetterà di sviluppare strategie personalizzate, accessibili e non ormonali per supportare e migliorare la gestione attiva della transizione menopausale.